Когда в августе 1999 года вспыхнули боевые действия в Дагестане, Геннадию Тимофеевичу пришлось сразу окунуться в гущу по-настоящему фронтовых информационных событий. Что интересно, вопросами информобеспечения действий войск СКВО он занимался, оставаясь на посту редактора окружной газеты.
Временный пресс-центр группировки стал в ту пору, по выражению Геннадия Алёхина, тем самым звеном, которое в полной мерс связывало цепь взаимоотношений армии и прессы.
Был налажен порядок, когда журналисты имели возможность ежедневно получать необходимую информацию. В особых случаях брифинги проводились непосредственно в штабе группировки войск. На них привлекались не только представители командования, но и специалисты по своим направлениям — военные инженеры, артиллеристы, танкисты, а также командиры воинских частей. Естественно, что о текущих событиях регулярно рассказывали и представители пресс-центра, в том числе выступая в прямом эфире федеральных каналов.

В творческом и служебном арсенале Геннадия Тимофеевича к тому времени уже имелся значительный опыт организации информационного обеспечения действий войск в боевых условиях. Он возглавлял редакцию газеты самой воюющей на тот период 58-й армии «Защитник России», а позже стал редактировать окружную газету «Военный вестник Юга России». Офицер обладал весомым опытом общения с военными и гражданскими журналистами, знал, как организовать их снабжение правдивой, объективной информацией о реально складывающейся обстановке.

Именно Геннадию Алёхину довелось проводить эксперимент по созданию и совершенствованию региональной информационной системы, на который решилось тогда командование военного округа. Суть его сводилась к тому, чтобы задействовать формы и методы работы, позволяющие максимально оперативно информировать общественность о ситуации в районах действия войск.
Например, согласно принятому порядку спикерами стали выступать в основном командующий войсками округа, его заместители, а также командующие временными группировками войск. В итоге работа журналистов в зоне боевых действий стала более эффективной, а подаваемая ими информация — насыщенной и актуальной.
Стоит сказать, что новые наработки такой системы, при которой информация исходила из первых уст, были сделаны Геннадием Алёхиным еще в период его руководства редакцией газеты 58-ой армии. Скажем, первое интервью вновь назначенный командарм генерал Геннадий Трошев дал как раз армейской газете. Публикация не только нашла широкий отклик в объединении, но и вышла в информационное поле далеко за пределы.

Возможно, именно с той поры пришло понимание того, сколь важное значение имеет личное общение высокопоставленных спикеров с представителями СМИ. Причём в любой обстановке — как в боевых порядках, так и на обычных пресс-конференциях или брифингах.
Не раз полковник Алёхин, будучи уже главным редактором газеты военного округа и начальником окружной пресс-службы, помогал Геннадию Трошеву переломить возникавшие негативные ситуации в информационном пространстве. Как только в публикациях или телерепортажах кто-то пытался опорочить военных, на защиту правды вставали незамедлительно, не отмалчивались. Чтобы не проигрывать в информационной войне, необходимо было откликаться на события мгновенно, реагируя на наиболее важные моменты личными комментариями представителей командования.
В период проведения контртеррористической операции на Северном Кавказе для Алёхина вошли в норму вылеты с командующим и представителями СМИ в районы боевых действий.

В результате на телеканалах и в печати стали появляться эксклюзивные сюжеты и материалы, где, упреждая события, объяснение происходящему давали либо сам Геннадий Трошев, либо его заместители, либо, что тоже происходило нередко, Геннадий Алехин.
А ведь было это не так просто, как кажется... Например, Трошев, по свидетельству Алёхина, признавался, насколько тяжело ему публично рассказывать о боевых потерях. Но умалчивать эту информацию было нельзя, потому что в противном случае общественность могла перестать доверять официальным источникам. Таким образом, в основу работы был положен подлинный принцип открытости и гласности. Стоит добавить, что при содействии Геннадия Алёхина наиболее важные и ключевые события хода боевых действий комментировали и другие легендарные командиры, среди которых генералы Виктор Казанцев, Владимир Шаманов, Владимир Булгаков.

По прошествии времени Геннадий Алёхин издал книгу «По ту сторону чеченской войны», где в числе прочего рассказал о некоторых моментах из его практики организации информационного обеспечения в ходе боевых действий. По его признанию, то были во многом новые формы работы со СМИ, и их внедрение принесло заметные позитивные результаты.
Учитывались все нюансы. Например, журналистам старались создавать все условия для работы: это касалось и обеспечения надёжной охраной, и предоставления транспорта, и решения ряда других вопросов, связанных с организацией творческой деятельности. Как результат, обычно следовали качественно подготовленные, продуманные, объективные материалы, создававшие истинную картину происходившего без искажений и предвзятого подхода.

Опыт информационной войны полковник Геннадий Алёхин и его коллеги приобретали непосредственно в ходе военных действий. Организованное ими в тот период активное информационное противодействие нападкам на Российскую армию, на наших солдат, офицеров и генералов, честно выполнявших свой ратный долг и рисковавших жизнью на передовой, стало, по сути, одним из видов боевого обеспечения. Оно носило упреждающий, жёсткий, а временами наступательный характер.